Contando com a presença de Naruto, Sakura e agora, Shikamaru, o filme relata a história do envolvimento dos jovens ninjas com um exército comandado por um estranho cavaleiro, à procura de uma pedra nescessária para realizar o que desejam, e como cenário uma misteriosa fortaleza gigante localizada no interior de uma floresta a qual fica entre o País do Fogo e o País do Vento.